Introduction to R markdown

A convenient tool to generate reproducible document.

• Markdown
  • Remove HTML tag for higher readibility.
  • Inline HTML is avaliable.
• R markdown
  • Markdown + embedded R code chunks
  • Rmd -> md -> html(docx, pdf)

• 製作reproducible的報告、投影片
• 想寫數學式子好展現自己的專業 \(e=mc^2\)
• 只有一份source code，不需要額外複製圖片到報告中
• 需求更改時，可以動態改變報告內容
• 增加資料分析演算法的可讀性
• IDE? RStudio提供支援

• 最新版的RStudio已經包含R Markdown功能
• 你也可以透過以下指令安裝R Markdown套件：

install.packages("rmarkdown")

• 利用 `r` 在markdown中插入R程式
• 插入 LaTeX 公式的方法：
  
  • 行內$ equation $
    
  • 段落 $$ equation $$

• RStudio: "Knit" command (Ctrl+Shift+K)
• Command line: rmarkdown::render function

rmarkdown::render("input.Rmd")

在RStudio中，在UI界面中點選help (?)可以查閱Markdown語法

R code will be evaluated and printed

```{r}
summary(cars$dist)
```

summary(cars$dist)

   Min. 1st Qu.  Median    Mean 3rd Qu.    Max. 
      2      26      36      43      56     120 

```{r plot}
summary(cars)
plot(cars)
```

• Easy Navigation in RStudio

  

• echo(TRUE): whether to include R source code in the output file
• eval(TRUE): whether to evaluate the code chunk
• message(TRUE): whether to preserve messages emitted by message()
• include(TRUE): if include=FALSE, nothing will be written into the output document, but the code is still evaluated and plot files are generated
• warning(TRUE): whether to preserve warnings in the output
• comment("##"): set to comment notation

Set global chunk options:

knitr::opts_chunk$set()

利用R Markdown 製作《一周天氣預報》書面報告。

• 原始出處
• 參考範本
• 範例資料

利用R Markdown 製作《一周天氣預報》書面報告。

• 計算01/28日當日的最高溫與最低溫度

# Hint：
# 1. 下載weather-utf8.csv到自己的電腦上
# 2. 在R chunk中，利用read.csv()讀取檔案進行分析
# 3. 找出01/28當日最高溫 max()
# 4. 找出01/28當日最低溫 min()
# 5. use inline R chunk `r max(...)` 

利用R Markdown 製作《一周天氣預報》書面報告。

• 計算01/28日當日的最高溫與最低溫度

# Hint：
dat <- read.csv("weather-utf8.csv")
max(dat[1:2, 4:5])
min(dat[1:2, 4:5])
# 預測高溫約`r max(dat[1:2,4:5])`度，低溫約`r min(dat[1:2,4:5])`度

Set results='asis' to write raw results from R into the output document

• knitr::kable

  ```{r, results='asis'}
  knitr::kable(women)
  ```
  

利用R Markdown 製作《一周天氣預報》書面報告。

• 製作未來七天天氣預報表

# Hint：
# 你可能需要dplyr套件
# 可以先用filter把白天、晚上分開處理
# 利用 paste(低溫,高溫,sep="-") 來製作溫度區間, i.e. 16-17
# 利用colnames, rownames來對整理好的資料表的行與列命名

利用R Markdown 製作《一周天氣預報》書面報告。

• 製作未來七天天氣預報表

day1 <- filter(dat, 早晚=="白天")
day2 <- mutate(day1, 溫度=paste(高溫,低溫,sep="-"))
day3 <- select(day2, 天氣, 溫度)

night1 <- filter(dat, 早晚=="晚上")
night2 <- mutate(night1, 溫度=paste(高溫,低溫,sep="-"))
night3 <- select(night2, 天氣, 溫度)

out <- data.frame(t(bind_cols(day3, night3)))
colnames(out) <- day1$日期
rownames(out) <- c("白天天氣","白天溫度","晚上天氣","晚上溫度")

利用R Markdown 製作《一周天氣預報》書面報告。

• 製作未來七天天氣預報表

```{r results='asis', echo=FALSE}
knitr::kable(out)
```

利用R Markdown 製作《一周天氣預報》書面報告。

• 製作未來七天天氣預報圖

# Hint：
# 你可能需要ggplot2套件
# Mac顯示中文需設置字型
# http://equation85.github.io/blog/graph-font-of-r-in-mac-os-x/
# par(family='STHeiti')

利用R Markdown 製作《一周天氣預報》書面報告。

• 製作未來七天天氣預報圖

library(ggplot2)
dat1 <- mutate(dat, 時間=paste(日期,早晚,sep="\n"))
dat2 <- select(dat1, 時間, 高溫, 低溫)
dat3 <- melt(dat2)
ggplot(dat3, aes(x=時間, y=value, group=variable, colour=variable)) + 
  geom_line() + 
  labs(x="時間", y="溫度") +
  theme_gray(base_family="STHeiti") # 顯示中文字 Mac user only

利用R Markdown 製作《一周天氣預報》書面報告。

• 原始出處
• 參考範本
• 範例資料
• 參考解答

You can add R Markdown and HTML in the YAML content.

---
title: "Introduction to R Markdown"
author: "Wush Wu, Johnson Hsieh"
date: "2015-02-01"
output: html_document
---

```{r results='asis', echo=FALSE}
library(whisker)
temp = '<span class=""></span>'
numbers = c("", "2", "3")
colors = c("red", "blue", "green", "yellow", "gray")
for (color in colors){
    cat("- ")
    for (number in numbers){
        out = whisker.render(temp)
        cat(out)
    }
    cat("\n")
}
```

• iframe: displaying a web page within a web page

  <iframe src="http://twconf.data-sci.org/" height=600 width=800></iframe>
  

• img: inserting images into an HTML document.

  Much easier for adjusting width and height.

  <img src="assets/img/dsp-logo.png" alt="logo">
  

  

It’s possible to embed a Shiny application within a document.

• R Markdown Cheat Sheet
• R Markdown
• knitr
• RStudio Documentation
• Reproducible Research
• Shiny Articles